An der Emme im unteren Emmental liegen drei bedeutende Auengebiete von nationaler Bedeutung, nämlich der Emmenschachen unterhalb von Solothurn bei Luterbach/Zuchwil, der Utzenstorfer Schachen sowie der Oberburger Schachen zwischen Burgdorf und Oberburg.
Der "Emmenschachen"
Als Emmenschachen wird das Gebiet zwischen Emme und Emmekanal im Mündungsbereich in die Aare unterhalb von Solothurn bezeichnet. Das Gebiet steht bei Hochwasser regelmässig unter Wasser und ist aus diesem Grund sehr wertvoll. In den Tümpeln des Emmenschachens fühlen sich besonders Amphibien wohl. Zudem ist es ein wichtiger Überwinterungsort für Zugvögel.
Das Gebiet ist vor allem für Vögel von grosser Bedeutung. Unmittelbar nördlich an das Auengebiet "Emmenschachen" grenzt das Wasser- und Zugvogelreservat von internationaler und nationaler Bedeutung Nr. 113 "Aare bei Solothurn und Naturschutzreservat Aare Flumenthal" an. Eisvogel-Vorkommen sind entlang des untersten Emmeabschnitts vor allem am rechten Ufer bekannt. Zudem ist hier der Pirol heimisch. Auch der Kleinspecht und Fitis als typische Auenarten kommen im Gebiet vor.
Der "Utzenstorfer Schachen"
Das Gebiet des Utzenstorfer Schachen-Urtenensumpf weist mit Bachläufen, Feuchtstandorten und typischen Hartholzauenwäldern wertvolle Auen-Lebensräume auf, wie sie in der Schweiz selten geworden sind. Entsprechend sind hier seltene und auentypische Arten wie Eisvogel, Wasseramsel und Biber anzutreffen. Aber auch die gefährdete Ringelnatter, die auf Auen und Feuchtgebiete als Lebensraum angewiesen ist, kommt im Gebiet vor.
Der "Oberburger Schachen"
Der Oberburge-Schachen weist eine grosse ökologische Vielfalt auf. Kleinräumig wechselnde Standorteigenschaften, eine vielfältige Oberflächenstruktur sowie ein breites Spektrum an Lebensraumelementen von Wasserflächen über Pionierstandorte bis hin zum geschlossenen Laubwald prägen ein abwechslungsreiches Mosaik, das vielen Pflanzen- und Tierarten Platz bietet. Im Gebiet rechts der Emme befinden sich für Amphibien sehr wertvolle Lebensräume. Das nachgewiesene Artenspektrum ist bemerkenswert: Neben einer recht grossen Grasfroschpopulation, kleinen Fadenmolch- und Bergmolchpopulationen und einzelnen Erdkröten ist vor allem die mittelgrosse Population von Geburtshelferkröten (auch Glögglifrösch oder Steichröttli genannt) sehr erfreulich. Diese Art, die in den letzten Jahren vielerorts Bestandeseinbussen zu verzeichnen hatte, ist charakteristisch für das Emmental, einem wichtigen Verbreitungsschwerpunkt der kleinen, graubraunen Kröte mit ihrem flötenreinen, glockenähnlichen Lockruf.