Zuerst Meer...
Der Großteil der noch heute das Landschaftsbild prägenden Gesteine des Jura entstand in der Zeit etwa 140 bis 200 Millionen Jahre vor der Gegenwart, im Erdmittelalter (Mesozoikum). Damals war das Gebiet der heutigen Schweiz zum großen Teil durch ein tropisches Flachmeer, am Rande des Tethys-Ozeans, bedeckt, an dessen Grund sich 50 Millionen Jahre lang mächtige Sedimentschichten bildeten. Entsprechende Fossilien finden sich heute in der Region Jura und Jura-Südfuss, und auch die Spuren von Dinosauriern wurden an drei Stellen im Jura entdeckt.
...dann zum Gebirge gefaltet...
Die zunächst flach gelagerten Gesteinsschichten des Jura erfuhren dann in erdgeschichtlich jüngerer Zeit eine Gebirgsbildung. Dieser Prozess ist eng mit der Entstehung der Alpen verbunden: Etwa zehn bis zwei Millionen Jahre vor der Gegenwart verursachte die Bewegung der Afrikanischen Platte nach Norden nicht nur die Hervorhebung der heutigen Alpenregion, sondern drückte auch die im Mesozoikum (und später) abgelagerten Sedimente des Französischen und Schweizer Jura allmählich horizontal zusammen. In der Folge wurden diese ehemals flachen Gesteinsschichten wie ein Tischtuch von einer Seite zusammengeschoben, sodass sich diese teilweise auffalteten und übereinander schoben. Westlich des heutigen Genfer Sees wurden die Gesteinsschichten um mehr als 25 Kilometer zusammengestaucht. An vielen Stellen kann man erahnen, wie das Gestein hier durch ungeheure Kräfte im Laufe von Jahrmillionen zusammengedrückt beziehungsweise gefaltet wurde. Geologisch spricht man auch von Faltenscheiteln (so genannten Antiklinalen) und Faltenmulden (so genannten Synklinalen). Im Gegensatz dazu ist die Landschaft im westlichen und nördlichen Teil des Juras durch großflächige Plateaus gekennzeichnet, die von einigen wenigen Flüssen und den typischen Kerbtälern unterbrochen sind.
...und von Wasser...
An einigen Stellen im Jura sind die lang gezogenen Höhenrücken der Antiklinalen durch markante, querende Schluchten unterbrochen. Grund für die Entwicklung dieser Landschaftsform ist meist ein Fluss, der schon vor Beginn der Gebirgsbildung seinen Lauf dort hatte und dessen Erosionswirkung mit der Gebirgsauffaltung Schritt hielt. Es entstanden Durchbruchstäler, in denen das Profil der Gebirgsfalte freigelegt ist. Der geschichtete Aufbau des Gesteins und die Krümmung entlang der Antiklinalen lässt sich hier unmittelbar betrachten. Diese Täler werden als "Klusen" bezeichnet.
Im karstigen Gestein des Juras versickert das Wasser auch sehr leicht und sucht sich seinen Weg unterirdisch durch mannigfaltige Höhlensysteme.