Bezüglich Tierwelt hat der Jura und der Jura-Südfuss einiges zu bieten. Da gibt es die Aare und Emme mit ihrem Fischbestand, und den Wasservogelgebieten, die "Witi" mit einem der wichtigsten Schutzgebiete der Schweiz für Wasser- und Zugvögel. In Altreu, zwischen Solothurn und Grenchen ist seit Jahren der Storch wieder heimisch. In den noch vorhandenen Feuchtgebieten der Aareauen entlang der alten Aare, aber auch in der "Witi" haben Libellen und seltene Amphibien ihren Lebensraum und in den artenreichen Trocken- und Halbtrockenstandorten an den Südhängen der Jura-Gebirgszüge und im angrenzenden Mittelland findet sich eine ganze Reihe von Insekten wie Käfer, Spinnen, Heuschrecken und vieles mehr.

Nicht zu vergessen die grösseren Wildtiere, die sich vorzugsweise in den ausgedehnten Wäldern des Jura und des Jura-Südfusses aber auch in der Weite der Aareebene aufhalten wie Reh, Wildschwein, Feldhase, Fuchs und Dachs oder die Gämse in den felsigen Partien der Jura-Gebirgszüge.  Dazu hat sich seit einigen Jahren auch wieder der Luchs als heimlicher Jäger gesellt, von dem es bereits ansehnliche Bestände im Jura gibt und der sich auch schon mal ins flachere Land wagt.

Seit ein paar Jahren ist auch der Biber, der lange Zeit in der Schweiz als ausgestorben galt, entlang der Flüsse und Bäche und an den Stillgewässern am Jura-Südfuss und im Mittelland wieder heimisch. Mit seinen unermüdlichen lanschaftsgestalterischen Aktivitäten sorgt er zum Teil bereits wieder für kontroverse Diskussionen und rote Köpfe...

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Auch die in der ganzen Schweiz verbreiteten und bekannten Wildtiere wie das Reh, der Fuchs, der Dachs und auch Marder sind in den bewaldeten Hängen des Jura-Südfusses und im angrenzenden Mittelland heimisch. Teilweise sind die Tiere auch nahe an oder gar in den Siedlungsgebieten anzutreffen.

Biberaktivitäten sind seit einigen Jahren am Jura-Südfuss und im angrenzenden Mittelland entlang der Flüsse, Bäche und an verschiedenen stehenden Gewässern immer wieder anzutreffen. Zu Gesicht bekommt man ihn allerdings nur selten, da er vor allem in der Nacht und in der Dämmerung unterwegs ist. Nicht zu übersehen sind allerdings die Spuren seiner Aktivitäten.

Fast unbemerkt von der Öffentlichkeit haben sich in den steilen und felsigen Jurahängen grosse Gämsenkolonien gebildet. In den Kantonen Solothurn und Aargau sind die Bestände in den letzten Jahren derart stark gewachsen, dass sie regelmässig durch Abschüsse reguliert werden müssen.

Die "Witi" zwischen Solothurn und Grenchen gilt als wichtiger Lebensraum für den Feldhasen. Gemäss den letzten Erhebungen kann man davon ausgehen, dass sich rund 180 Feldhasen in der Selzacher- und Grenchnerwiti tummeln. Zu sehen bekommt man sie allerdings nur selten: Sie sind vor allem nachts unterwegs.

Im Jura und im schweizerischen Mittelland haben sich die Wildschweine in den letzten vierzig Jahren stark ausgebreitet, nachdem sie Ende des 19. Jahrhunderts beinahe ausgerottet waren. Wildschweine sind grundsätzlich sehr scheue Tiere. Tagsüber verstecken sie sich im Dickicht und gehen erst zur Dämmerungszeit auf Nahrungssuche. 

Die Europäische Wildkatze, auch Waldkatze genannt, war ursprünglich in ganz Europa verbreitet, ausser in Skandinavien. Im vergangenen Jahrhundert wurde sie stark verfolgt und durch die Zerstörung ihres Lebensraumes dezimiert oder weiträumig gar ausgerottet. Seit 1920 erholen sich viele Restpopulationen wieder.

Das Juragebirge, das sich in der Schweiz von Genf bis in den Aargau erstreckt, ist mittlerweile fast lückenlos vom Luchs besiedelt. Die Wildtier-Forschungsstelle KORA geht aufgrund der letzten Erhebungen davon aus, dass aktuell im gesamten Schweizer Jura rund 60 Tiere heimisch sind. 

Wenn mit der Dämmerung langsam der Gesang der Vögel verstummt, tauchen sie - wenn man Glück hat - auch am Jura-Südhang und in der Witi unverhofft auf: Fledermäuse, diese blitzschnell und absolut geräuschlos vorbeischiessenden "Schattengestalten" auf der Jagd nach Stechmücken, Käfern und Nachtfaltern.

Die Aare-Ebene zwischen Büren a.A. und Solothurn ist mit ihren grossen Flussschlaufen und mit ihrer Weiträumigkeit auch heute noch eine ornithologisch wertvolle Kulturlandschaft. Ihr Kernstück, die Grenchner Witi, besitzt als Rastplatz für Zugvögel nationale Bedeutung und steht deshalb unter entsprechendem Schutz.

Der kleine Weiler Altreu in der Gemeinde Selzach am Jura-Südfuss wurde 2008 als 10. Europäisches Storchendorf ausgezeichnet. Diese Auszeichnung wird von der Stiftung EURONATUR jeweils einem Dorf pro Land in Europa verliehen und honoriert damit die von Behörden und Bevölkerung getragenen Anstrengungen zum Schutz des Storchs.