Gewässer weisen sehr unterschiedliche Ausprägungen auf. Einerseits gibt es Flüsse und Bäche, die sogenannten Fliessgewässer. Daneben gibt es die sogenannten Stillgewässer, das sind Seen aber auch Weiher und Teiche. Alle diese Gewässer stellen ganz unterschiedliche Lebensräume dar. Flüsse und Bäche werden beispielsweise in Quellgebiet, Ober-, Mittel- und Unterlauf eingeteilt, wobei jeder dieser Abschnitte je nach klimatischen Einflüssen, Höhenlage und Topografie unterschiedliche Eigenschaften aufweist, wie die Abflussmenge, die Fliessgeschwindigkeit oder die Wassertemperatur. Auch die Gewässersohle und die angrenzenden Uferzonen weisen verschiedene Eigenschaften auf. Dementsprechend sind diese Bereiche auch von unterschiedlichen Pflanzen- und Tierarten im und am Wasser besiedelt. Bei den Seen und Teichen verhält es sich ähnlich, je nach Grösse und geografischer Lage, nach Zu- und Abflüssen sowie Beschaffenheit des Untergrundes, weisen diese Stillgewässer und deren Uferbereiche sehr verschiedene Eigenschaften und damit auch unterschiedliche Artenbesiedlungen auf. Die Entstehung der Seen ist meist auf die abtragende und aufschüttende Wirkung von Gletschern während den Eiszeiten zurückzuführen.
Ein Gewässer mit seinen Ufern ist ein ganz besonders artenreicher Lebensraum für unzählige Kleinlebewesen, Fische, Vögel und Säugetiere. Je naturnaher ein solches Gewässer ist, zum Beispiel mit intakten Auenlandschaften, desto wertvoller und vielfältiger sind seine Lebensräume und desto grösser ist die anzutreffende Artenvielfalt. Ein Gewässer braucht für eine naturnahe Entwicklung einen ausreichenden Gewässerraum. Regelmässige Unterhalts- und Pflegearbeiten fördern diese naturnahe Entwicklung.
Neben den permanenten Oberflächengewässern gibt es solche, die nur zeitweise Wasser führen. Dazu gehören Geländemulden oder Gräben, die sich nach grossen Niederschlägen oder nach der Schneeschmelze mit Wasser füllen und dann langsam wieder austrocknen. Temporäre Gewässer, die länger Wasser führen, werden gerne von Pionierarten unter den Amphibien als Laichgewässer genutzt.
Eine Sonderstellung nehmen die Riedgebiete und Moore ein. Diese sind zwar selbst keine Gewässer, weisen jedoch häufig kleine und grössere offene Wasserflächen auf.
Die Fluss-Aue
Eine ursprüngliche, natürliche und wilde Flusslandschaft weist über weite Abschnitte nicht nur einen Wasserlauf auf, sondern verschiedene grössere und kleinere Seitenarme, Altarme und Altwasser. Lebensräume entlang von Gewässern, die regelmässig überflutet werden nennt man Auen. Keine Aue ist wie die andere. An manchen Ufern nagt der Fluss, an anderen wird Geröll, Kies, Sand oder Schlick angespült und abgelagert. An den Ufern und zwischen den Flussarmen liegen manchmal ausgedehnte Kies- und Sandbänke.
Die gewässernahen Uferbereiche sind natürlicherweise einer grossen Dynamik unterworfen. Grosse Hochwasserereignisse können ganze Flussabschnitte umgestalten. Auch bei "normalem" Hochwasserstand wird die Weichholzaue regelmässig überflutet, wobei immer wieder organisches Material weggeschwemmt und Sand abgelagert wird. Es bildet sich hier keine grosse Humusschicht, der Boden besteht vorwiegend aus Feinsand und Lehm. Zu einer intakten Auenlanschaft gehört auch Holz abgestorbener Bäume oder angeschwemmtes "Totholz". Dieses bildet ein wichtiges Refugium für viele Lebewesen.
Leider ist in unserer dicht besiedelten Landschaft nur noch wenig Platz, um den Fliessgewässern genügend Raum zu geben, weshalb auch die meisten Auenlandschaften in unserer Region verschwunden sind. In jüngster Zeit werden, auch auf gesetzlicher Ebene, vermehrt Anstrengungen unternommen, im Rahmen von sogenannte Revitalisierungen den Fliessgewässern zumindest teilweise wieder mehr Raum zur Verfügung zu stellen, womit neue Auenlandschaften entstehen können.
Hartholzauen
Die Hartholzaue wird verhältnismässig wenig überflutet. Sie steht höchstens 90 Tage pro Jahr unter Wasser, meist aber seltener. In diesen, weniger von Hochwasser betroffenen Zonen leben Tier- und Pflanzenarten, die eher weniger Wasser vertragen. Typische hier vorkommende Baumarten sind Ulme, Stieleiche, Esche und Ahorn. Sobald Buchen auftreten, heisst dies, dass die Aue nicht mehr richtig überflutet wird.
Weichholzauen
Die Weichholzaue wird bis zu 190 Tage im Jahr überflutet. Damit steht sie manchmal mehr als die Hälfte des Jahres unter Wasser. Die häufig überfluteten Ufer sind gesäumt von Weiden, Erlen und Pappeln, den Charakterarten der Weichholzaue. In diesem Lebensraum kommen nur Arten vor, die sehr wasserverträglich sind, wie verschiedene Weidenarten, Erlen und Pappeln.
Weidengebüsch, Flussröhricht
Zwischen der Weichholzaue und dem Gewässer gibt es Zonen, die nur einige Tage oder Wochen pro Jahr trocken sind. Auf diesen Flächen können sich schnellwüchsige Arten wie zum Beispiel das Rohrglanzgras oder Weidengebüsche ansiedeln. Tritt am Flussrand Schilf auf, ist dies ein Hinweis darauf, dass wir uns im Staubereich eines Wehrs oder Kraftwerks befinden.