Schon in der Urzeit spielte der Jura wegen seiner Durchgangsachsen und Eisenerzvorkommen eine bedeutende Rolle. Zudem boten seine schroffen Höhen und abgelegenen Täler in unruhigen Zeiten Schutz. Der Jura-Südfuss und das Mittelland waren dank des günstigen Klimas, der fruchtbaren Böden und der vielen Gewässer seit je her ein wichtiges Siedlungsgebiet.
Ur- und Frühgeschichte 80'000 bis 9'500 v.Chr
Die ältesten Steingeräte wurden in Gempen und Winznau gefunden. Sie gehören in die mittelpaläolithische Moustérienkultur (80'000-35'000 v.Chr.). Weitere archäologische Funde am Jura-Südfuss stammen aus der Zeit um 13‘000 v.Chr. Es handelt sich dabei um die Hinterlassenschaften der ersten Jäger und Sammler, die – den Rentierherden folgend – in die eisfreien Landstriche zurückkehrten. Die Menschen schlugen ihre Lager nahe am Wasser auf. Die offenen Wasserflächen zogen viele Tiere an, die man leicht jagen konnte, und auch Fische und Wasservögel waren willkommene Beute.
Jungsteinzeit 6'500 bis 2'200 v.Chr.
Die ersten Schritte zum Anbau von Getreide und zur Haustierhaltung wurden um 10‘000 v.Chr. im vorderen Orient gemacht. Von da aus gelangten Saatgut und Haustiere allmählich auch nach Mitteleuropa. Die Menschen wurden allmählich sesshaft. Ab ungefähr 4‘300 v.Chr. sind bei uns die ersten Siedlungen fassbar. Die Ufer der grossen Seen des Schweizer Mittellandes, aber auch die der kleineren Gewässer wie dem Burgäschi- und Inkwilersee, wurden als Standorte gewählt. Im feuchten Seeboden haben sich neben Steinwerkzeugen und Tongefässen auch organische Gegenstände aus Holz, Geweih, Knochen und Textilien hervorragend erhalten. Die Funde aus den drei bekannten Pfahlbausiedlungen am Burgäschisee sind für die Forschung deshalb von grosser Bedeutung. Die geborgenen Artefakte lagern heute grösstenteils im Museum Blumenstein in Solothurn und im Historischen Museum Bern.
Bronzezeit 2'200 bis 800 v.Chr.
Während der frühen Bronzezeit nahm die Bevölkerung des Mittellands durch Ackerbau und Viehzucht kontinuierlich zu. Die Bronze, eine Metalllegierung aus Kupfer und Zinn, löste den brüchigen Feuerstein ab. Um 1‘600 v.Chr. verschlechterte sich aber das Klima. Es wurde kälter und die Seespiegel stiegen. Die Menschen, die am Wasser lebten, mussten ihre Siedlungen aufgeben und ihre Dörfer landeinwärts neu aufbauen. Siedlungsspuren aus der jüngeren Frühbronzezeit (17.-16. Jh. v.Chr.) liegen nur spärlich vor. Sie markieren vielleicht eine Handelsroute, die aus dem Mittelland quer durch den Jura an das Basler Rheinknie führte. Während der Mittelbronzezeit (16.-14. Jh. v.Chr.) wurden auch die Juratäler besiedelt. Höhensiedlungen entstanden u.a. auf der Balmfluh bei Günsberg, der Lehnfluh und der Ravellenfluh bei Oensingen, der Frohburg (Gemeinde Trimbach), der Holzfluh (Gemeinde Balsthal) und der Portifluh (Gemeinde Zullwil).
Erst in der späten Bronzezeit ab 1‘300 v.Chr. sind wieder Siedlungsspuren an den tiefer liegenden Seeufern auffindbar wie beispielsweise auf der Insel im Inkwilersee. Das Ufer des Burgäschisees scheint in dieser Zeit aber kaum mehr besiedelt worden zu sein, denn bereits am Ende des 9. Jahrhunderts v.Chr. stiegen die Seespiegel erneut massiv an. Die Menschen legten vermutlich auf den umliegenden Hügeln Landsiedlungen an, die leider kaum erhalten geblieben sind, weil sich organisches Material in trockenem Boden schnell zersetzt.
Die wenigen bisher bekannten Grabfunde stammen aus der ausgehenden Mittel- oder der Spätbronzezeit. In der jüngeren Spätbronzezeit (12.-9. Jh. v.Chr.) wurde der Jura weiter erschlossen. Ein bei einer Quelle vergrabenes Bronzedepot aus Grenchen (Hinzihöfli) und viele andere Bronzefunde in oder entlang von Gewässern werden als Opfergaben gedeutet.
Die Römerzeit bis ca. 200 v.Chr. bis 400 n.Chr.
Olten (röm. Name nicht überliefert) und Solothurn (Salodurum) sind römerzeitliche Gründungen aus dem frühen 1. Jh. n.Chr. Angelegt als Strassenposten und Brückenköpfe entwickelten sie sich zu kleinstädtischen Zentren (vici). Eine der römischen Hauptstrassen führte von Aventicum (heutiges Avenches) über Salodurum durch die Oensinger Klus und über den Oberen Hauenstein nach Augusta Raurica (heutiges Kaiseraugst). Eine zweite Achse lief ostwärts über Olten nach Vindonissa (heutiges Windisch). Das Landschaftsbild in der Römerzeit wurde aber durch die vielen grösseren und kleineren Gutshöfe (villae rusticae) geprägt. Dicht besiedelt waren vor allem der Jura-Südfuss und das Aaretal. Im Innern des Juras wurden römerzeitliche Siedlungen bloss entlang der Strasse über den Oberen Hauenstein, im Laufener Becken und im Bezirk Dorneck entdeckt. Von den mehr als 150 bekannten römischen Gutshöfen sind die meisten allerdings schlecht untersucht. Nach den Alemanneneinfällen von 270-275 n.Chr. wurden viele aufgegeben. Funde aus dem späten 3. und 4. Jh. n.Chr. stammen u.a. aus mehreren Höhensiedlungen (Oensingen-Lehnfluh, Trimbach-Frohburg, Lostorf-Gross Chastel). Aus den offenen Kleinstädten Olten und Solothurn wurden zu Beginn des 4. Jahrhunderts mauerbewehrte Kastelle (castra), die eine wesentlich kleinere Siedlungsfläche umschlossen. Ein um 370 n.Chr. erbautes Kleinkastell (burgus) sicherte in St. Wolfgang die Strasse über den Oberen Hauenstein.
Zur Zeit der Völkerwanderung war die Region Jura-Südfuss zwischen Solothurn und Biel die Schnittstelle zwischen den in die Schweiz zuwandernden Germanen-Stämmen der Burgunder und Alemannen. In dieser Region ist denn auch die heutige Sprachgrenze Französisch - Deutsch entstanden.
Die Mittelalterlichen Herrschaftsstrukturen am Jura-Südfuss
Seit den fränkischen Reichsteilungen im 9. Jh. n.Ch. lagen die Gebiete am Jura-Südfuss im Grenzraum der verschiedenen Reichsteile, später zwischen dem zweiten Königreich Burgund und dem Herzogtum Schwaben. In den Jahren 1032-1038 fiel Burgund ans Heilige Römische Reich. Ab ca. 1100 begannen sich die Herzoge von Zähringen als dominierende Macht zu etablieren. Ab der 2. Hälfte des 13. Jh. wirkten die Grafen von Neuenburg-Nidau als Landgrafen über Burgundia circa Ararim (Burgund jenseits der Aare), d.h. über das Gebiet links der Aare bis zur Siggern bei Flumenthal. Rechts der Aare, in der Landgrafschaft Burgund, übten ab Mitte des 13. Jh. die Grafen von Buchegg, die ihren Herrschaftsschwerpunkt im Bucheggberg hatten, die landgräflichen Rechte aus. Zwischen Lengnau und Selzach verfügten die Herren von Fenis, später die Herren von Grenchen, über ein geschlossenes Herrschaftsgebiet, das um die Mitte des 12. Jh. an die Herren von Strassberg ging. Vom Fuss der Balmfluh bis Flumenthal herrschten die Herren von Balm. Nach 1200 traten die Grafen von Strassberg aus dem Haus Neuenburg-Nidau, die Gründer von Altreu, an die Stelle der ausgestorbenen Herren von Strassberg und der weggezogenen Herren von Balm.
Am Oberen und Unteren Hauenstein bauten die Grafen von Frohburg ihre Machtstellung aus. Nebst ihrem umfangreichen Besitz im Bereich der beiden Pässe verfügten sie von Ende des 11. Jh. an im Buchsgau und nach 1223 im später baslerischen Sisgau über die gräflichen Rechte als Lehen der Basler Bischöfe, die ihrerseits im 11. Jh. durch königliche Schenkungen in deren Besitz gelangt waren. Diese verliehen sie jedoch z.T. weiter, u.a. an die um Oensingen und Balsthal begüterten Herren von Bechburg und Falkenstein. Geschützt wurden die Strassen durch mehrere Burgen und neu gegründeten Städte. Die Route über den Oberen Hauenstein auf später Solothurnischem Boden durch das Städtchen Fridau, die Burgen Neu- und Alt-Bechburg, Neu- und Alt- Falkenstein sowie das Städtchen Klus, jene über den Unteren Hauenstein durch Olten und die Frohburg als Stammsitz der Frohburger.
Nach dem Aussterben der Frohburger 1375 teilten sich der Fürstbischof von Basel und als dessen Lehensnehmer die Grafen von Neuenburg-Nidau, Kyburg, Thierstein und die Herren von Falkenstein in die landgräflichen Rechte im Buchsgau. An sie sowie u.a. an die Freiherren von Grünenberg ging auch der hinterlassene Besitz der Frohburger. Oberhalb Lostorfs und in Gösgen hatten die Freiherren von Wartenfels und Gösgen ihre Stammburgen. Letztere übten die Kastvogtei über das Stift Schönenwerd aus, bis sie 1399 von den Herren von Falkenstein beerbt wurden.
Nördlich des Passwangs dehnten die Grafen von Thierstein als Inhaber der Landgrafschaft Sisgau ihre Herrschaft aus. Um 1200 erbten sie von den Grafen von Saugern die Kastvogtei über das Kloster Beinwil und errichteten bei Büsserach die Burg Neu-Thierstein. Westlich schlossen sich die Güter der Herren von Rotberg mit ihrer gleichnamigen Burg an, östlich Thiersteins lagen jene der Freiherren von Ramstein mit der Burg Gilgenberg als Zentrum.