Neben den verschiedenen Fliessgewässern liegen am Jura-Südfuss und im angrenzenden Mittelland auch verschiedene stehenden Gewässer, welche für zahlreiche Tier- und Pflanzenarten einen wertvollen Lebensraum bieten. Stellvertretend für alle diese wertvollen Gewässerräume werden hier insbesondere der Burgäschi- und Inkwilersee, der Bellacherweiher, der Erlimoosweiher und der Gerlafingerweiher erwähnt.
Burgäschi- und Inkwilersee
Der Burgäschi- und Inkwilersee liegen im äusseren Wasseramt an der Grenze des Kantons Solothurn sie liegen zu beträchtlichen Teilen bereits auf dem Gebiet des Kantons Bern. Sowohl der Burgäschi- als auch der Inkwilersee verdanken ihre Existenz dem zurückweichenden Rhonegletscher. Vor 15'000 bis 20'000 Jahren formten diese Eismassen die Landschaft, hinterliessen Moränenhügel, Toteislöcher und in der Folge Seen. Bereits in der Steinzeit (ca. 4000 Jahre v.Chr.) war die damals noch weitgehend bewaldete Gegend besiedelt. Die natürliche Entwicklung führte zur Verlandung der stehenden Gewässer und zur Bildung von Mooren. Beide Seen sind Relikte dieses Prozesses. Das ursprünglich von grossflächigen Mooren dominierte Einzugsgebiet entwässerte noch anfangs des letzten Jahrhunderts durch viele Gräben und Bäche in die beiden Seen.
Die beiden Seen unterscheiden sich punkto Grösse und Umgebung. Der rund 30 Meter tiefe und etwa 20 Hektaren grosse Burgäschisee ist etwa doppelt so gross wie der Inkwilersee. Er ist fast vollständig von Erlen- und Eschenwald umgeben. Der nur knapp fünf Meter tiefe Inkwilersee liegt dagegen im offenen Kulturland. Beide Seen zeichnen sich durch ausgedehnte Schilfgürtel mit entsprechender Wasservogel- und Libellenfauna aus. An ihren Ufern haben nachweislich schon Pfahlbauer gesiedelt. Die Fundstellen gehören seit 2011 zum UNESCO-Weltkulturerbe. Beide Seen wurden wiederholt abgesenkt, um Landwirtschaftsland zu gewinnen; letztmals während des 2. Weltkriegs im Rahmen des "Plans Wahlen".
Im Umland der beiden Seen kann man verschiedene Stadien der Verlandung beobachten. Beim Burgäschisee sind nur schwache, beim Inkwilersee bereits starke Verlandungstendenzen zu erkennen. Eine weitere Stufe ist im Chlepfibeerimoos, angrenzend an den Burgäschisee zu sehen. Dieses einzigartige Hochmoor im Kanton Solothurn hat keine offenen Wasserflächen mehr. Liesse man der natürlichen Entwicklung freien Lauf, entstünde hier über eine Phase der Verbuschung ein Birkenbruchwald.
Bellacherweiher
Der Bellacherweiher liegt direkt am Jura-Südfuss auf dem Gebiet der Gemeinde Bellach. Der Weiher ist nicht auf natürliche Art entstanden, sondern wurde von Menschenhand geschaffen. Die Stadt Solothurn beauftragte Mitte des 15. Jahrhunderts einen Dammbauer aus dem Aargau, das sumpfige "Weihertäli" zwischen Bellach und Selzach mit einem künstlichen Dammm abzuriegeln und so das Wasser zu einem ansehnlichen Weiher aufzustauen. Der Weiher war primär dazu gedacht, die Stadt Solothurn mit Fischen und im Winter mit sauberem Eis zu versorgen. Die lokale Bevölkerung nutzte ihn auch zur Bewässerung ihrer Felder und später diente das Wasser als industrielle Antriebskraft sowie zur Stromerzeugung.
Heute liegt der Weiher inmitten einer, auch landwirtschaftlich, mehr oder weniger intensiv genutzten Kulturlandschaft. Er ist ein beliebtes und stark genutztes Naherholungsgebiet für Menschen aber auch ein wichtiger und vielseitiger Natur- und Lebensraum für verschiedenste Tier- und Pflanzenarten. Unter anderem hat sich vor geraumer Zeit am Weiher auch eine Biberfamilie angesiedelt. Der Weiher und ein schmaler Uferstreifen stehen unter der Bezeichnung "Bellacherweiher" seit 1945 als kantonales Naturreservat unter Naturschutz.
Erlimoosweiher
Das Erlimoos liegt im unmittelbaren Grenzgebiet der Gemeinden Bettlach und Selzach. Es ist seit 1972 als kantonales Naturreservat ausgeschieden und wurde in den Jahren 1975/76 nach Norden hin erweitert. Gleichzeitig wurde ein etwa 10 Hektar grosser und bis 4.5 Meter tiefer künstlicher Weiher angelegt. Südlich davon und etwas tiefer gelegen befindet sich in einem Eschen-Auenwaldstück ein etwas älterer Waldweiher, welcher vom Überlauf des oberen Weihers gespiesen wird. Nordwestlich und nördlich des oberen Weihers liegt eine kleine Feuchtwiese welche in ein Grossseggenried und anschliessend in eine Sperstaudenflur übergeht. Begrenzt wird das Gebiet im Westen entlang des "Ländlibaches" durch ein Ufergehölz aus standortheimischen Sträuchern sowie im Norden und Osten durch einen Eschen-Auenwald-Saum.
Das Naturreservat Erlimoos wurde ursprünglich als Schulreservat angelegt und regelmässig unterhalten und gepflegt. Es hatte lange Zeit einen parkähnlichen Charakter und wurde von Schulklassen und weiteren naturinteressierten Personen und Familien gerne besucht. Seit 1990 ist das ist das Gebiet unter der Bezeichnung "Erlenmoos Haag" im Bundesinventar der Amphibienlaichgebiete von nationaler Bedeutung aufgenommen. In den Jahren 2010/11 wurde das Erlimoos von Bibern besiedelt, seither wurde die Pflege auf ein Minimum reduziert, wodurch die Zugänglichkeit deutlich eingeschränkt wurde.
Gerlafingerweiher
Der Gerlafingerweiher (auch "Enteliweiher" genannt) liegt fünf Kilometer südsüdöstlich von Solothurn nahe den Gemeinden Gerlafingen (Solothurn) und Wiler bei Utzenstorf (Bern). Der grösste Teil liegt im Gebiet des Kantons Bern. Infolge von Aufschüttungen und zunehmender Verlandung nahm die ursprüngliche Fläche des Teiches um gut die Hälfte ab. Der Weiher liegt direkt neben einem Fabrikkanal und hat zwei separate Zuflüsse: den kleineren Tannschachenbach, der von Süden in den See fliesst, sowie den kanalisierten Strackbach im Nordwesten. Wegen seiner geringen Tiefe bildet sich im Sommer keine stabile Temperaturschichtung aus, demzufolge ist das Gewässer kontinuierlich mit Sauerstoff gesättigt.
Der Weiher lag ehemals im Schwemmgebiet der Emme, er ist jedoch ein von Menschen angelegtes Gewässer. In den jahren 1812/1813 wurde an der Stelle eines schon davor existierenden Teiches ein Holzauffanglager ausgehoben, das zur Lagerung angeflösster Stämme diente. Nachdem im Jahre 1869 die Flösserei an der Emme eingestellt worden war, begann der Weiher zu verlanden.
Der Gerlafingerweiher bietet eine vielfältige Vegetation, und um ihn herum entwickelte sich ein Auenwald, der vielen Lebewesen einen Lebensraum bietet. Der Weiher gilt als Vogelschutzgebiet von nationaler Bedeutung, in dem einheimische Brutvögel wie Wasserralle, Kuckuck oder Kleinspecht vorkommen, ausserdem zahlreiche durchziehende Zugvögel und Wintergäste. Seit 1983 steht der Weiher unter Naturschutz.
Auf dem Gebiet der Gemeinde Wiler bei Utzenstorf (BE) befindet sich ein sechs Meter hoher Beobachtungsturm, der sich, bei etwas Geduld, sehr gut für Tierbeobachtungen eignet.