Der Jura und der Jura-Südfuss weisen eine vielzahl von Gewässern auf. Dominant ist natürlich die Aare, welche vom Bielersee her entlang des ganzen Jura-Südfusses fliesst und alle kleineren Bäche und Flüsse aufnimmt, um letztlich selbst bei Koblenz in den Rhein zu fliessen.

Die Region kann aber auch mit verschiedenen kleineren Flüssen und Bächen, mit Weihern und Tümpeln sowie den beiden Kleinseen Inkwilersee und Burgäschisee an der Grenze vom Kanton Solothurn zum Kanton Bern aufwarten.

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