Der Gerlafingerweiher liegt fünf Kilometer südöstlich von Solothurn im Grenzgebiet der Gemeinden Gerlafingen (Kt. SO) und Wiler bei Utzenstorf (Kt. BE), dort befindet sich auch ein sechs Meter hoher Beobachtungsturm.
Der Weiher liegt direkt neben einem Fabrikkanal und hat zwei separate Zuflüsse: den kleineren Tannschachenbach, der von Süden in den Weiher fliesst, sowie den kanalisierten Strackbach im Nordwesten.
Der Weiher lag ehemals im Schwemmgebiet des Flusses Emme, ist jedoch ein von Menschen angelegtes Gewässer. In den Jahren 1812/1813 wurde an der Stelle eines schon davor existierenden Teiches ein Holzauffanglager ausgehoben, das zur Lagerung angeflösster Stämme diente. Nachdem die Flösserei auf der Emme 1869 eingestellt worden war, begann das Gewässer zu verlanden.
Der Gerlafingerweiher bietet eine vielfältige Vegetation, und um ihn herum entwickelte sich ein Auenwald, der vielen Lebewesen einen Lebensraum bietet. Das Gewässer gilt als Vogelschutzgebiet von nationaler Bedeutung, in dem Brutvögel wie Wasserralle, Kuckuck oder Kleinspecht vorkommen, ausserdem zahlreiche durchziehende Zugvögel und Wintergäste. Wegen seiner geringen Tiefe von nur rund einem halben Meter, bildet sich im Sommer keine stabile Temperaturschichtung aus, demzufolge ist der Weiher kontinuierlich mit Sauerstoff gesättigt.
Der Weiher befindet sich im Eigentum der Von Roll Immobilien AG. seit 1983 steht er unter Naturschutz.