Zwischen dem Bielersee und dem Kanton Aargau gibt es an der Aare mehrere Auengebiete von nationaler Bedeutung, nämlich die Alte Aare zwischen Aarberg und Büren a.A.. Bei Meienried/Büren bilden die Altwässer der ehemaligen Zihl und der Aare, das sogenannte "Häftli". Weiter unten an der Aare bei Altreu findet sich das Gebiet Eichacker/Wannengraben. Später folgen dann die Auengebiete bei Rupoldingen und bei Wöschnau.
Weiter flussabwärts, im Kanton Aargau, gibt es weitere bedeutende Auengebiete von nationaler Bedeutung.
Die "Alte Aare"
"Alte Aare" wird die Strecke des ursprünglichen Flusslaufs der Aare zwischen Aarberg und Büren a.A. genannt. Sie gehört zum längsten zusammenhängenden Altwassersystem der Schweiz. Diese einmalige Flusslandschaft entstand nach der ersten Juragewässerkorrektion in den Jahren 1868 bis 1878. Damals wurde die Aare durch den Hagneckkanal in den Bielersee umgeleitet. Von dort aus fliesst sie durch den Nidau-Büren-Kanal wieder ins alte Bett am Jura-Südfuss.
Das Gebiet an der Alten Aare weist eine grosse Vielfalt an Lebensräumen mit entsprechend hoher Artenzahl auf. Altläufe und Giessen, Flachmoore sowie unterschiedliche Waldgesellschaften wechseln sich je nach Untergrund ab. Diese Lebensräume beherbergen eine grosse Zahl an geschützten und gefährdeten Tier- und Pflanzenarten. Unter anderem können hier über zehn Amphibienarten und bis zu dreissig verschiedene Libellenarten beobachtet werden.
Das "Häftli"
Als "Häftli" wird eine ehemalige Schlaufe der Aare bezeichnet, die mit dem Bau des Nidau-Büren-Kanals von der Aare abgetrennt worden ist. Es ist ein auenartiges Feuchtgebiet geprägt von feuchten Waldgesellschaften, Grossseggenbeständen und Schwimmblattfluren. Obschon das Gebiet durch die beiden Juragewässerkorrektionen und insbesondere durch den Bau des Nidau–Büren-Kanals stark verändert wurde, sind heute die charakteristischen Flussauenelemente noch weitgehend vorhanden.
Im Häftli wurden bisher weit über 200 Vogelarten nachgewiesen, knapp 80 davon als Brutvögel.
Wichtige Brutvögel sind Zwerg- und Haubentaucher, Schwarzmilan, Wasserralle, Eisvogel, Kleinspecht, Nachtigall und Pirol. Das Häftli ist ein bedeutender Überwinterungsplatz für Wasservögel, darunter mehrere hundert Krickenten, Schnatterenten und Pfeifenten. Auf dem Durchzug können verschiedene Reiherarten, Greifvögel, Limikolen und zahlreiche Singvögel beobachtet werden. Das Häftli ist ausserdem ein wichtiger Rückzugsort für Amphibien. Bisher wurden Grasfrosch, Wasserfrosch, Laubfrosch, Erdkröte, Kreuzkröte, Kammmolch, Teichmolch, Bergmolch und Feuersalamander festgestellt.
Der "Eichacker-Wannengraben"
Das Naturschutzgebiet "Eichacker-Wannengraben" umfasst das Archer-Inseli auf der Südseite und den Eichacker auf der Nordseite der Aare. Im Gebiet Wannengraben bei Altreu befindet sich ein ursprünglicher Wassergraben, der zwischenzeitlich zugeschüttet, kürzlich aber wieder renaturiert und weitgehend wiederhergestellt worden ist.
Das Gebiet besteht zu einem grossen Teil aus Weichholzauen. Der wertvollste Teil des ganzen Gebietes ist das Archer-Inseli mit seinem breiten Ufergehölz. Dank der Grösse des Schilf- und Auenwaldgürtels befinden sich hier auch strömungsarme Lebensräume.
Im Schutzgebiet haust eine Biberfamilie. Für den Biber sind ruhige Uferstreifen wichtig, hier findet er seine Nahrung und errichtet seine Wohnbauten. Auch Graureiher sind hier häufig zu beobachten.
